2009 blev et kanon-år for Jens Kaptain. I april blev Skanderborg-modellen optaget i den første danske ledelseskanon som en af de 12 største ledelsesbedrifter gennem de seneste 60 år, og i november blev Jens Kaptain hædret som ’Årets offentlige beslutningstager’ for at afprøve nye politiske og administrative strukturer og styreformer i Skanderborg Kommune, som det hed i begrundelsen.