Rigsrevisionen har tidligere påpeget, at administrationen af CO2-kvoteregistret har været utilfredsstillende i perioden fra 2005 til midten af 2009. I den periode blev registret udnyttet til at bedrive momssvindel. Siden slutningen af 2009 har Energistyrelsen dog strammet gevaldigt op i administrationen af kvoteregisteret.